Eine Plattform für schnell-profiling-Mutationen und gen-expression bietet wertvolle Einblicke in die Krebs-Biologie

Ein tumor kann enthalten Bemerkenswerte Vielfalt, wo auch benachbarte Zellen unterscheiden sich erheblich in Bezug auf die Mutationen, die Sie enthalten. Ein Gerät, das überwinden dieser Heterogenität durch eine effiziente Analyse von DNA und RNA in einzelne Krebszellen wurde entwickelt von Forschern um Sagen Li Kong und Axel Hillmer von der A*STAR Genom-Instituts von Singapur.

„Die gleichzeitige Sequenzierung einer Zelle, das Genom und Transkriptom ist ein wirkungsvolles Mittel, um sezieren die genetische variation und Ihre Auswirkungen auf die gen-expression“, erklärt Kong. Diese Daten ermöglichen eine genaue Bewertung, wie tumor-Zellen entwickeln sich im Laufe des Fortschreitens der Krankheit und erwerben Widerstand in Reaktion auf die Behandlung. Allerdings, meisten Strategien für die parallele Analyse von DNA-und RNA-zu Komplex sind und nur dann aktivieren, screening der kleinen Zahl von Zellen zu einem Zeitpunkt.

Kong und Hillmer eine Plattform entwickelt, Sie nennen CORTAD-seq, kurz für ‚gleichzeitige Auswertung von RNA und gezielte DNA-Sequenzierung‘. Ein Großteil der Arbeit durchgeführt wird, auf einem chip enthält mehrere winzige, mit Flüssigkeit gefüllte Kammern. Innerhalb dieser werden einzelne tumor-Zellen aufgebrochen werden und deren RNA und genomische DNA isoliert und für die Sequenzierung vorbereitet.

Als Vorführung verwendeten die Forscher CORTAD-seq-Studie zu einem experimentellen Modell von erworbenen Resistenzen. Sie behandelt einen kultivierten Lungenkrebs-Zell-Linie mit gefitinib, einem Häufig verwendeten Medikament, und führte eine vergleichende Analyse der Prä-Expositions-Zellen und Zellen, die gesammelt nach unterschiedlicher Dauer der Exposition. CORTAD-seq aktiviert Sie zu analysieren Tausende Gene und erkennen genomische Mutationen in mehr als 500 einzelnen Zellen. Dies gab faszinierende Einblicke in, wie Zellen erwerben gefitinib-Resistenz.

Viele der resistenten Zellen untersucht erworben hatte, eine mutation, bekannt als T790M, die Häufig bei Patienten mit gefitinib-resistenten Tumoren. Kong aber Hinweise, dass diese mutation allein scheint nicht zu einen großen Einfluss auf die Genexpression. „Unsere Studie fand keine enorme transkriptomischen Unterschiede zwischen Zellen mit oder ohne die T790M-mutation“, sagt Sie, fügte hinzu, dass dies zeigt, dass andere mutation oder epigenetische Veränderungen können notwendig sein, zusätzlich zu T790M zu produzieren, die komplette Droge-Widerstand.

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